U okviru Šumarskog fakulteta postoje dva odsjeka: Šumarstvo i Hortikultura.
Na odsjeku Šumarstvo educiraju se kadrovi za potrebe sektora šumarstva i drugih srodnih oblasti. Reformom visokog obrazovanja u BiH u skladu sa Bolonjskim procesom na odsjeku Šumarstvo pripremljeni su i provode se studijski programi I i II ciklusa. Po završetku I ciklusa obrazovanja stiče se zvanje Bachelor šumarstva sa znanjima i vještinama potrebnim za praćenje i realizaciju projekata ove oblasti. Studenti nakon završetka I ciklusa mogu produbiti svoja znanja i unaprijediti vještine na II ciklusu ovog odsjeka pod nazivom Održivo upravljanje šumskim resursima. Po završetku ovog studijskog programa stiče se zvanje magistar struke, odnosno Magistar šumarstva sa znanjima i vještinama potrebnim za realizcaiju složenijih zadataka u sferi planiranja, projektovanja i analiza poslovanja u šumarstvu i srodnim disciplinama.
Na odsjeku Hortikultura educiraju se kadrovi za potrebe hortikulture, uređenja i oplemenjivanja urbanog prostora. Reformom visokog obrazovanja u BiH u skladu sa Bolonjskim procesom na odsjeku Hortikultura pripremljeni su i provode se studijski programi I i II ciklusa. Po završetku I ciklusa obrazovanja stiče se zvanje Bachelor hortikulture sa znanjima i vještinama potrebnim za praćenje i realizaciju projekata u hortikulturi i oplemenjivanju urbanog prostora. Studenti nakon završetka I ciklusa mogu produbiti svoja znanja i unaprijediti vještine na II ciklusu ovog odsjeka pod nazivom Pejsažna arhitektura. Po završetku ovog studijskog programa stiče se zvanje magistar struke, odnosno Magistar pejsažne arhitekture sa znanjima i vještinama potrebnim za realizcaiju složenijih zadataka u sferi planiranja, projektovanja i analiza poslovanja u organizacijma koje se bave hortikulturom i oplemenjivanjem urbanog prostora.
Poslovi i zadaci Fakulteta obavljaju se preko slijedećih organizacionih jedinica: katedri i kabineta, nastavnih objekata, instituta, biblioteke i stručnih službi.
Katedre realizuju i koordiniraju izvršenje nastavnih i stručnih zadataka. Katedru čine svi nastavnici, saradnici i stručno-tehničko osoblje pripadajućih nastavnih predmeta (disciplina).
Na Fakultetu postoje slijedeće katedre i kabineti:
Katedra za ekologiju šuma i urbanog zelenila
Katedra za uzgajanje šuma i urbanog zelenila
Katedra za zaštitu šuma i urbanog zelenila i lovno gospodarenje
Katedra za iskorištavanje šuma, projektovanje i građenje u šumarstvu i hortikulturi
Katedra za uređivanje šuma i urbanog zelenila
Katedra za ekonomiku, politiku i organizaciju šumarstva i urbanog zelenila
Na nastavnim objektima Fakulteta realizira se terenska nastava po studijskim programima i naučno-istraživački rad. Nastavni objekti Fakulteta su: \”Arboretum\” na Slatini, \”Čavle\” na Igmanu i \”Alpinetum\” na Trebeviću.
Naučno-istraživački rad Fakulteta realizuje se putem organizacione jedinice Institut za šumarstvo i hortikulturu.
Biblioteka je organizaciona jedinica Fakulteta u okviru koje se obavljaju bibliotečki poslovi i tehnički poslovi izdavačke djelatnosti.
Stručne službe Fakulteta obavljaju pravne, upravno-izvršne, finsijsko-materijalne, opšte i druge srodne poslove koji proizilaze iz djelatnosti Fakulteta.